Jonas dzimis 1944. gadā. 11. oktobris Kauņā. 1962. gadā beidzis Kauņas XIII vidusskolu. Viņš mēģināja iestāties Kauņas seminārā, taču padomju varai viņa izcelsme nepatika, tāpēc viņu neuzņēma. Tajā pašā gadā iestājās Viļņas Universitātes Fizikas un matemātikas fakultātē. 1970. gadā pēc absolvēšanas Jonas Boruta strādāja Lietuvas Zinātņu akadēmijas Fizikas institūtā.
1975. gadā slepeni sāka studēt teoloģiju pagrīdes priesteru seminārā. 1981. gadā iestājās pagrīdes Lietuvas jezuītu provinces noviciātā.
1982. gadā aizstāvēja fizikas- matemātikas zinātņu kandidāta disertāciju. Kad 1992. g. 19. oktobrī atjaunoja Lietuvas Zinātnes padomē, Jonam Borutam tik piešķirts dabaszinātņu doktora grāds. 1982. gadā 5. augustā Skaistgiru Sv. Jura baznīcā, bīskaps Julijons Steponavičius viņu slepeni ordinēja par priesteri. Tajā pašā gadā Boruta devās uz Hmeļnicku (Ukraina), lai palīdzētu tur strādājošajam jezuītu priesterim Vītautam Merkijam SJ pastorālajā aprūpē, taču pēc dažiem mēnešiem viņš bija spiests atgriezties Lietuvā. Pagrīdē viņš uzturēja plašus sakarus ar garīdzniecību, izglītoja jezuītu semināristus, vadīja rekolekcijas dažādās Lietuvas draudzēs, kā arī klosterļaudīm un priesteriem. Padomju gados pagrīdē palīdzēja sagatavot katehētus. Atjaunojoties Lietuvas neatkarībai, Boruta pasniedz Viļņas arhidiecēzes katehētikas centrā, un darbojas Vitauta Dižā universitātes Viļņas filiāles Neklātienes katehētikas skolā kā lektors un direktors. 1989. gadā 2. jūnijā salika mūža svētsolījumus Jezuītu ordenī, drīz tika ievēlēts par Lietuvas un Latvijas jezuītu provinces provinciālu. Pēc provinciāļa pilnvaru beigām, 1995. gada 22. augustā, šo amatu pildīja vēl trīs gadus. Jezuītu provincē J. Borutas vadībā tika atjaunotas Kauņas un Viļņas jezuītu vidusskolas, atjaunotas Šauļu, Kauņas un Viļņas jezuītu baznīcas un šeit atjaunota pastorālā aprūpe. Augstu tika novērtēta viņa vispusīgā izglītība, vēsturiskās atmiņas kopšana, pastorālā degsme, interese par sabiedrisko dzīvi, draudzīgā komunikācija. 1991. – 2002. t. J. Boruta pasniedza Viļņas priesteru seminārā. Vienlaicīgi (1989. - 1990.) bija Viļņas Arhikatedrāles bazilikas vikārs, un Sv. Kazimiera baznīcas prāvests (1990.-1997.). 1997. gadā 21. jūnijā iesvētīts par Vulturāras titulāro bīskapu un iecelts par Viļņas arhibīskapa palīgbīskapu. 2002. gadā 5. janvārī pāvests Jānis Pāvils II iecēla Jāni Borutu par Telšu diecēzes bīskapu. 2017. gadā bīskaps J. Boruta pāvestam Franciskam iesniedza lūgumu atkāpties no Telšu bīskapa amata. Kopš 2017. gada 18. septembra viņš ir Telšu emeritētais bīskaps. Būdams Telšu bīskaps, J. Boruta bija arī liels latviešu draugs, jo ik gadus, svinot Zemaiču Kalvārijas atlaidas ,viena diena bija paredzēta latviešu svētceļniekiem. Kopā ar svētceļniekiem vienmēr ieradās arī kāds Latvijas bīskaps. Tāpat bīskaps Boruta vienmēr labprāt piedalījās dažādās svinībās Latvijā, pārstāvot Lietuvas Baznīcu. Bēru Mise tiks svinēta piektdien, 23.decembrī, plkst.10.00 Zemaiču Kalvarijas bazilikā. Bīskaps Jonas Boruta SJ tiks apbedīts Žemaiču Kalvarijas kapsētā. Mūžīgo mieru dod viņam, Kungs un mūžīgā gaisma, lai atspīd viņam. Lai viņš dus mierā. Amen. Foto: bīskaps J. Boruta Žemaiču Kalvarijā pēc Sv. Mises uzrunā svētceļniekus no Latvijas (2015.g.) | 
