17. septembrī, tikšanās laikā ar svētceļniekiem, pāvests pauda dziļu nožēlu, ka Rēgensburgā teiktie vārdi ir aizvainojuši islama pasauli, piebilstot, ka uzrunā izmantotais citāts neatspoguļo viņa personiskos uzskatus.
Atvadoties no savas dzimtenes iedzīvotājiem, viņš izteica prieku, ka Bavārijā arī šodien daudzi cilvēki iet Dieva ceļus un vienotībā ar saviem garīgajiem ganiem liecina par savu ticību pašreizējā sekularizētajā pasaulē.
Benedikta XVI vizītes Bavārijā piektās dienas galvenais temats bija mūzika. Trešdienas rītā Rēgensburgas bazilikas Alte Kapelle (Vecā kapela) pāvests iesvētīja jaunās ērģeles.
Pāvesta vizīte Bavārijā ir visu vācu laikrakstu uzmanības centrā. „Pāvests nosoda kurlumu pret Dievu” – tā pirmajā lappusē raksta Frankfurter Algemaine Zeitung.
12. septembra pēcpusdienā Benedikts XVI apmeklēja Rēgensburgas universitāti. Augsto viesi sagaidīja universitātes rektors Alfs Cimmers, tās pasniedzēji un dažādu zinātņu speciālisti.
Pēc Svētās Mises Altetingas svētnīcā pāvests procesijā devās iesvētīt jauno Lūgšanas kapelu, kas ir iekārtota kā Vissvētākā Sakramenta adorācijas vieta.