Lielu daļu savas misionāra kalpošanas viņš pavadīja Indijā un Japānā, sējot Evaņģēlija sēklas šajos apgabalos. Viņa pēdējā vēlēšanās bija sasniegt Ķīnu un izplatīt kristietību starp tur dzīvojošajiem cilvēkiem. Kā stāsta M. T. Kellijs grāmatā ''A Life of St Francis Xavier'': “Viņu... ļoti piesaistīja ķīniešu tirgotāji, ar kuriem viņš satikās Japānā. Viņš uzskatīja, ka viņi ir tikpat inteliģenti kā japāņi un tik ļoti vēlas iegūt zināšanas, ja vien viņi nebija pārāki intelektuālā ziņā. Izpētes rezultātā viņš atklāja, ka Ķīna ir bagāta zeme, pilna ar reliģiskām sektām... lai gan viņš neticēja, ka tur ir kristieši. Šī misija, iespējams, būs auglīga, un, ja ķīnieši pieņems patieso ticību, japāņi drīz pametīs savu pagānismu.'' Svētais Francisks Ksavers veica daudzus sagatavošanās darbus plānojot šo ceļojumu, tostarp ”viņa darba par kristietību tulkojumu ķīniešu valodā”. Viņš pavadīja daudz laika, izdomājot sava ceļojuma loģistiku un plānoja katru sava ceļojuma posmu, gatavs ciest mocekļa nāvi, ja tā būs Dieva griba. Daudz šķēršļu Portugāļi nevēlējās, lai svētais Francisks dotos uz Ķīnu, jo baidījās, ka viņu tirdzniecības līgumi tiks pārtraukti. Viņi darīja visu, kas viņu spēkos, lai atturētu viņu no došanās uz Ķīnu, taču viņš neatlaidās un vairs nekavējās. Kuģis, uz kura viņš atradās, pa ceļam apstājās pie dažām salām, un uz vienas no tām Svētais Francisks saslima ar drudzi. Pēc 15 dienām viņš atguva veselību, bet ''viņš nedomāja par neko citu un nevarēja domāt par neko citu dienu un nakti, kā tikai par Ķīnas pievēršanu. Viņš bieži gāja gar krastu, pavērsdams acis uz Ķīnu, un draugiem teica, ka viņa vienīgā vēlme ir tikt nosēdinātam pie Kantonas vārtiem un ka viņš neapgrūtinās sevi ar to, kas varētu notikt pēc tam.'' Tuvākais, kad viņš jebkad nokļuva Ķīnā, bija Šanguaņas sala. Viņš atkal saslima un nomira būdā uz salas, tā arī nesasniedzot cietzemi.
Kamēr viņa misija izgāzās, daudzi citi misionāri ķērušies pie izaicinājuma - sēt Evaņģēlija sēklas ķīniešu tautā. Aleteia.org | 
